Ставим пакет ufraw, а затем конвертируем, с помощью консольной утилиты ufraw-batch. Минимальный набор ключей —out-type= — в какой формат конвертировать (ppm|tiff|tif|png|jpeg|jpg|fits) и —out-path= — в какой каталог сохранять файлы. Остальные ключи смотрим в man-е.
Этот скрипт конвертирует CR2-файлы из папки /home/rrv/cr2 в JPG-файлы в паку /home/rrv/jpg:
cd /home/rrv/cr2 ; ls *.CR2 | awk '{system ("ufraw-batch --out-type=jpg --wb=auto --black-point=auto --clip=film --exposure=2.3 --out-path=/home/rrv/jpg/ "$0)}'